Шамиль Атаханов 1948-жылы 22-июлда Ош облусунун Өзгөн шаарында жарык дүйнөгө келген. 1971-жылы Фрунзе политехникалык институтунун автоматика жана телемеханика факультетин аяктаган. 1986-жылы Ички иштер министрлигинин алдындагы академиянын укук таануу адистигин бүтүргөн. Ал эми 1991-жылы Москвадагы Эл аралык бизнес мектебин аяктаган.
1971-1972-жылдары инженер-электрик болуп эмгектенип, 1972-1973-жылдары Советтик Армиянын катарында аскердик кызматын өтөгөн.
1973-1984-жылдары Кыргыз ССРинде комсомолдук жана партиялык кызматтарда иштеген.
1986-1987-жылдары Кыргыз ССРинин Ички иштер министрлигинин уюшкан кылмыштуулук менен күрөшүү бөлүмүнүн башчысы;
1987-жылдан 1988-жылга чейин Кыргыз ССРинин Фрунзедеги административдик соода-финансылык органдарынын бөлүм башчысы;
1988-жылдан 1991-жылга чейин Фрунзенин Ички иштер башкармалыгынын башчысынын орун басары;
1995-жылдан 2005-жылга чейин “Интер-Бишкек” биргелешкен ишканасынын башкы директору;
2005-жылдын май айынан август айына чейин Бишкек шаарынын биринчи вице-мэри;
2005-жылдан 2010-жылга дейре “Интер-Бишкек” биргелешкен ишканасынын башкы директору;
2010-жылдын 20-декабрынан баштап 2011-жылдын 5-декабрына чейин күч түзүмдөрүнүн координациясы боюнча Кыргыз Республикасынын Вице-премьер-министри жана ЕврАзЭСтин Кыргызстандагы өкүлү;
2011-жылдын 5-декабрынан тарта 2012-жылдын 8-ноябрына чейин Улуттук коопсуздук боюнча мамлекеттик комитетинин төрагасы;
2013-жылдын 22-февралында Ш.Атаханов ички иштер министри кызматынан кетип, анын ордуна Абдулда Суранчиев келген. Ш.Атаханов 2013-жылы 28-февралда коопсуздук, укук тартиби, мамлекеттик чек ара маселелери боюнча вице-премьер-министр болуп эмгектенип, ошол эле жылы 6-июнда өз арызы менен кызматтан кеткен.